ชนิดพันธุ์หญ้าทะเล ในน่านน้ำไทยพบหญ้าทะเล 13 ชนิด จากจำนวนทั้งสิ้นประมาณ 60 ชนิดพันธุ์ที่พบทั่วโลก (Waycoott et al., 2004) ในฝั่งทะเลอันดามันพบหญ้าทะเล 12 ชนิด ขาดเพียงชนิดเดียวคือ หญ้าตะกานน้ำเค็ม (Ruppiamaritima) ซึ่งพบเฉพาะทางฝั่งทะเลอ่าวไทยเท่านั้นส่วนฝั่งอ่าวไทย พบหญ้าทั้งสิ้น 12 ชนิดเช่นกัน โดยไม่พบหญ้าเงาใบใหญ่ (Halophila major) ซึ่งเป็นหญ้าทะเลที่เพิ่งมีรายงานการพบเฉพาะทางฝั่งอันดามันของประเทศไทยเมื่อไม่นานมานี้ (Tuntiprapas, et al., 2015) โดยชนิดพันธุ์หญ้าทะเลสามารถแบ่งได้ง่ายๆตามลักษณะของใบเป็น2กลุ่มคือกลุ่มที่มีใบแบนยาวหรือใบกลมยาวและกลุ่มที่มีใบแบนสั้นรูปรี
การเรียกชื่อหญ้าทะเลนั้นมีความหลากหลายไปตามพื้นที่ของชุมชนชายฝั่งทะเลและยังมีความแตกต่างกันระหว่างฝั่งอ่าวไทยและฝั่งทะเลอันดามันสมบัติ (2534) เป็นผู้บุกเบิกในการตั้งชื่อภาษาไทยสำหรับใช้เรียกหญ้าทะเลชนิดต่างๆฝั่งทะเลอันดามันโดยอาศัยชื่อพื้นเมืองที่ชาวบ้านเรียกเป็นพื้นฐานประกอบเข้ากับลักษณะเฉพาะของหญ้าทะเลแต่ละชนิดดังนี้
1. กลุ่มที่มีใบแบนยาว หรือ ใบกลมยาว
หญ้าต้นหอมทะเล (Syringodium isoetifolium)
หญ้ากุยช่ายทะเล (Halodule uninervis)
หญ้ากุยช่ายเข็ม (Halodule pinifolia)
หญ้าตะกานน้ำเค็ม (Ruppia maritima)
หญ้าชะเงาใบมน (Cymodocea rotundata)
หญ้าชะเงาใบฟันเลื่อย (Cymodocea serrulata)
หญ้าชะเงาเต่า (Thalassia hemprichii)
2. กลุ่มที่มีใบแบนสั้นรูปรี
หญ้าเงา หรือหญ้าใบมะกรูด หรือหญ้าอำพัน (Halophila ovalis)
หญ้าเงาใบเล็ก (Halophila minor)
หญ้าเงาใบใหญ่ (Halophila major)
หญ้าเงาใส (Halophila decipiens)
หญ้าเงาแคระ (Halophila beccarii)
ที่มา : สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเล ชายฝั่งทะเลและป่าชายเลน